Можно ли отклонить заявку участника, если его товар не соответствует требованиям по баллам локализации, но есть другая заявка с российским товаром, соответствующим этим требованиям?

Да, заявка участника может быть отклонена на основании п. 4) ч. 12 ст. 48 Закона о контрактной системе, если на участие в закупке подана и по результатам рассмотрения признана соответствующей требованиям извещения заявка, содержащая предложение о поставке товара российского происхождения, который соответствует установленным требованиям по совокупному количеству баллов за выполнение (освоение) на территории Российской Федерации соответствующих операций (условий), если такие требования установлены для данной категории товара Постановлением N 719.